Michelangelo, Donatello, Leonardo y Raphael han vuelto para luchar contra villanos aún peores junto a April O’Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) y un recién llegado: el justiciero enmascarado Casey Jones (Stephen Amell). Tras escapar de prisión, el malvado Shredder se alía con el científico loco Baxter Stockman (Tyler Perry) y dos esbirros bobalicones: Bebop (Gary Anthony Williams) y Rocksteady (la estrella del WWE Stephen “Sheamus” Farrelly), para llevar a cabo un diabólico plan para dominar el mundo. Mientras las tortugas se preparan para derrotar a Shredder y su nueva tropa, se enfrentan a un mal aún peor y con las mismas intenciones: el infame Krang.
