Accusée de meurtre, Brennan (Emily Deschanel) est en cavale, aidée de son père Max (Ryan O’Neal). Booth (David Boreanaz) et l'équipe de l'Institut Jefferson sont convaincus que le génie de l'informatique Christopher Pelant (Andrew Leeds) a manipulé les preuves du dossier. Un tuyau anonyme mène l'équipe vers un cadavre qui pourrait détenir la clé pour prouver l'innocence de Brennan.
L'équipe de l'Institut Jefferson enquête sur le meurtre d'un puissant avocat spécialisé dans le divorce. L'intrigue se complique quand l'équipe découvre que sa femme et son assistante ont caché des preuves cruciales qui pourraient résoudre l'affaire. Brennan tente de s'adapter à la vie en cavale et les tensions montent entre elle et Booth, l'impact de leur séparation commence à se faire sentir.
L'équipe de l'Institut Jefferson enquête sur la scène d'une explosion dans un parking. L'enquête se complique quand ils découvrent qu'un homme qu'ils pensaient mort est bien vivant. Booth doit aussi s'occuper de faire approuver le budget du département pour obtenir une promotion et Sweets se voit donner un coéquipier temporaire, l'agent spécial du FBI Olivia Sparling (Danielle Panabaker).
L'équipe de l'Institut Jefferson enquête sur la mort de Jared Drew, employé d'une exposition d'animaux. Ils découvrent alors une affaire de contrebande d'animaux. Pendant ce temps, Brennan pense qu'elle pourrait faire une excellente candidate présidentielle, et Sweets et Daisy effectuent un grand changement dans leur relation.
L'équipe de l'Institut Jefferson enquête sur la mort d'une femme dont le corps a été retrouvé mutilé et jeté dans une poubelle. Pendant ce temps, Booth invite Sweets à loger chez Brennan et lui en attendant qu'il trouve un nouvel appartement.
Brennan (Emily Deschanel) se passionne pour le basketball et la philosophie du "travail en équipe" de Phil Jackson. Elle demande à ses meilleurs assistants d'identifier des restes humains jugés inidentifiables. Ils découvrent l'identité d'un homme mort lors des attaques du 11 septembre et doivent déterminer s'il était victime ou terroriste.
Emily Deschanel
Dr. Temperance "Bones" Brennan
David Boreanaz
FBI Special Agent Seeley Booth
Thomas Joseph Thyne
Dr. Jack Hodgins
Michaela Conlin
Angela Montenegro
Tamara Taylor
Dr. Camille "Cam" Saroyan