FBI-agent Sean Archer (John Travolta) weet hoe hij de sluwe terrorist Caster Troy (Nicolas Cage) kan stoppen. Hij moet letterlijk in zijn huid kruipen. Archer ondergaat een futuristische operatie en krijgt zo het gezicht van Troy, waarna hij in de wereld van de terrorist infiltreert om uit te vinden wat voor dodelijke geheimen hij heeft. Maar zelfs nu Archer op Troy lijkt en zich als Troy gedraagt, leert hij zijn ware aard niet kennen. En hij heeft niet door dat Troy wraak neemt door een operatie te ondergaan die hem op Archer laat lijken. De agent wordt geconfronteerd met een verschrikkelijke nachtmerrie: zijn aartsrivaal woont nu bij zijn gezin.
